Po ukończeniu klasy skrzypiec w gdańskim Liceum Muzycznym rozpoczął studia dyrygenckie na Akademii Muzycznej w Poznaniu w klasie prof. Renarda Czajkowskiego, uzyskując w roku 1989 dyplom pod kierunkiem prof. Witolda Krzemieńskiego.

Marcin Sompoliński występował z wieloma orkiestrami symfonicznymi w kraju i za granicą, towarzysząc wybitnym solistom (K.A. Kulka, J. Kotnowska, E. Chojnacka, W. Ochman, M. Bilson) w prestiżowych salach koncertowych (Beethovenhalle-Bonn, Festspielhaus w Salzburgu, Alte Oper we Frankfurcie). Dokonał licznych nagrań radiowych i telewizyjnych. Prowadzone przez niego w 1998 roku koncerty monograficzne Arvo Pärta zostały uznane przez Gazetę Wyborczą oraz Życie za kulturalne wydarzenie roku w Poznaniu.

Wśród ważniejszych dokonań operowych dyrygenta znajduje się polska premiera opery Marcela Landowskiego Galina, a także premierowe spektakle Halki S. Moniuszki (2000) oraz Aidy G. Verdiego (2001). W roku 2006 wraz z zespołem Opera Nova z Bydgoszczy dyrygował austriacką prapremierą odnalezionej opery W.A. Mozarta Der Stein der Weisen (Fetsspielhaus Salzburg).

Osobny nurt działalności artysty stanowią prawykonania muzyki współczesnej, wśród których znajdują się m.in. zamówione przez Międzynarodowy Festiwal Chórów Uniwersyteckich w Poznaniu kompozycje Zbigniewa Kozuba Beati estis oraz Marka Jasińskiego Ad Iuvenatem. Wśród ważniejszych dokonań Marcina Sompolińskiego jest też Missa pro defuncto Wolfgango Amadeo Mozart – msza żałobna za duszę Wolfganga Amadeusza Mozarta wykonana liturgicznie 4.12.2001 roku w kościele OO. Franciszkanów na Górze Przemysła. Również i tym razem Gazeta Wyborcza uznała to przedsięwzięcie, obok konkursu im. H. Wieniawskiego, za najważniejsze muzyczne wydarzenie roku w Poznaniu. Missa pro defuncto Wolfgango Amadeo prowadzona przez maestro Sompolińskiego wykonywana jest corocznie w noc śmierci Geniusza podczas Poznańskiego Festiwalu Mozartowskiego. Obecnie msza wykonywana jest w kościele pw. Najświętszego Serca Jezusa i św. Floriana.

Marcin Sompoliński jest pomysłodawcą i realizatorem nowatorskiego cyklu multimedialnych koncertów edukacyjnych Speaking Concerts, które od ponad dwóch dekad cieszą się olbrzymim zainteresowaniem i uznaniem publiczności w całym kraju. Niezliczone scenariusze napisane przez prof. Sompolińskiego są regularnie doceniane i wielokrotnie nagradzane przez publiczność całej Polski.